Jonathan debutó en primera división el 1 de agosto de 2013 con Peñarol. Entre los equipos en los que ha tenido participación, destacan Benfica de Portugal, el Deportivo La Coruña español y Santos Laguna.
En el club de Coahuila destacó y ahora portará la playera celeste.
Palmarés:
- Campeón de la Primeira Liga con Benfica. 2014-2015
- Copa de la Liga de Portugal con Benfica. 2014-2015
- Campeonato en el Clausura 2018.
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